认知行为疗法(CBT)已经显示出对治疗自闭症中的抑郁症的有效性,但是那些已经被美国药物局批准的那些治疗普通抑郁症的药物,至今没有一样被专门针对自闭症的大人和孩子们中间彻底地测试过,而有些研究还发现了自闭症患者服用抗抑郁症药物还可能会有更大的副作用的风险.那些最常见的副作用包括了嗜睡,易怒,焦躁,睡眠抖腿征(restless leg syndrome),还有肠胃问题.医生们可以用逐渐增加剂量的办法来控制其副作用,一般还需要尝试多种不同的药物来找到副作用最小的有效的药物.而药物的用量必须是因人而异的,对一个孩子有效,不见得对另一个孩子也有效.